Les deux organisations sont Taka et Akatsuki. Ces deux organisations ont un but bien définit et ils sont prêt à tout pour y arriver.
Contrairement aux autres forums, les organisations n'ont pas un nombre limité de membre. Cependant elles pourront être fermé si trop de membre décide de s'y aventurer.
Akatsuki: L'Akatsuki malgré sa défaite à toujours pour but de capturer tous les bijuus. Ils sont partis depuis plusieurs années pour recruter de nouveau membre et aujourd'hui, elle est plus forte que jamais et elle veut se vanger des villages cachés.
Taka: Taka est une organisation menée par Sasuke Uchiha, tous ses membres lui sont fidèle et partage sa haine envers Konoha. Comme l'Akatsuki, Taka recrute de nouveau pouvoir, et comme l'Akatsuki elle a gonflé ses troupes et est plus fort que jamais. La haine de Sasuke rrivera-t-elle à vaincre ses ennemis de Konoha?